Savaşan Krallıklar Zamanında (MÖ 4.-3. yüzyıl) Ci adıyla, Yenler’in başlıca kentiydi. Şu Huangdi zamanında yıkıldı (MÖ 226). Han Hanedanı döneminde Yen adıyla yeniden kuruldu. Kuzey Çin’in geri kalan bölümü gibi MS 4.-6. yüzyıl arasında bozkır halkları tarafından işgal edildi ve Mujonglar’ın başkenti haline geldi (350-357). Sueiler (581-618) ve Tanglar (618-907) döneminde Kuzey Çin’in, Moğollar’dan daha tehlikeli hale gelen Kuzeydoğu Halklarına karşı başlıca kalesiyidi. Çinli aile Hou Çin’in Çitanlar’a bıraktığı (936) kenti Çitanlar 938’de Güney’in başkenti yaptılar (Nancing). Kenti 1122’de Curçenler işgal ettiler, Songlar’a bıraktılar (1123), yeniden aldılar (1125) ve 1153’te Merkez’in başkenti ve başlıca ikametgâhları haline getirdiler.

Cengiz Han’ın Moğolları kenti 1215’te alarak yıktılar. 1260’ta Kubilay Han bölgeye yerleşti ve kentin kuzeydoğusunda yeni bir kent kurdurdu (1264-67); Tai du (Çince, “Büyük Başkent”) ya da Hanbalık (“Han kenti”). Çin’in merkezi olan bu kent Marco Polo’nun büyük hanla görüştüğü ve anılarında Cambaluc adını verdiği kenttir. Pekin’i büyük kanala bağlayan (13. yüzyıl sonu) bir kanal, başkente Yangzi yoluyla pirinç getirilmesini sağlıyordu. Nancing’i başkent yapan (1368-1416’ya doğru) ilk Ming İmparatoru Pekin’e Beiping (“Kuzey Başkenti”) adını verdi. Üçüncü Ming İmparatoru Yonglı (1403-1424) bu kente yerleşerek adını Beijing’e çevirdi ve Yasak Kent ile Gökyüzü Tapınağı’nı kurdu. Ciaşing, bunlara Tarım Tapınağı’nı yaptırdı ve kenti yeniden başkent durumuna getirdi. Kent 1928’e kadar başkent olarak kaldı. Mançular’ın zaferinden kısa süre önce yakılan (1644) Pekin geleneksel ölçülere göre yeniden kuruldu ve yeni hanedan tarafından güzelleştirildi (Göksel Barış Kapısı, Yüce Uyum Sarayı, kentin kuzeybatısında yazlık saray). 17. ve 18. yüzyıllarda Kangşi (1662-1722) ve Çienlong (1736-1796) dönemlerinde, güneybatı kesiminde misyonerler (özellikle Cizvitler) ve Avrupalı teknisyenler yaşıyordu.

1860’ta, II. Afyon Savaşı sırasında Fransız-Britanya seferinde yaz sarayının yanmasından sonra Pekin’deki yabancı temsilcilerin oturduğu ayrıcalıklı bir semt kuruldu. Bu temsilciliklere Boxerların silahlı saldırısı (Haziran 1900), kente, 1901’de uluslararası bir garnizon yerleştirilmesine yol açtı. İmparatorluğun yıkılmasından (1912) sonra “Savaş Ağaları”nın eline geçen Pekin’i Kuomintangçılar işgal ettiler (1928) ve yeniden Beiping diye adlandırdılar (başkent Nancing’e nakledilmişti). Japonları’ın ele geçirdiği (Temmuz 1937) kent, 1945’e kadar onların desteklediği bir hükümet tarafından yönetildi. Ocak 1949’da komünistler tarafından yeniden ele geçirildi. 1 Ekim 1949’da da Tiananmen’de Mao Zedong tarafından Çin Halk Cumhuriyeti’nin kuruluşu ilan edildi, aynı zamanda eski adını aldı ve yeniden başkent oldu.

Pekin’de düzenlenen 2008 Yaz Olimpiyatları Açılış Töreni.
1950’lerde eski şehrin dışına doğru büyümeye başlayan şehir, kuzeyde konut alanları, batıda da ağır sanayi yerleşmeleriyle çevrelendi. 1960’larda metro ve İkinci Çevre Yolu inşaatları için şehir surlarının bir kısmı yıkıldı. Kültür Devrimi sırasında, 18 Ağustos 1966 günü ise Pekin’de, Mao’nun başkanlık ettiği ve bir milyon kişinin katıldığı bir açık hava toplantısı yapıldı. Nisan 1976’da, Dörtlü Çete ve Kültür Devrimi’ne karşı Tiananmen Meydanı’nda toplanan geniş bir halk topluluğu zorla dağıtıldı. Aynı yılın ekim ayında Dörtlü Çete tutuklandı ve Kültür Devrimi sona erdirildi.

1980’lerde Pekin’in kentsel alanı, yapımı 1981’de tamamlanan İkinci Çevre Yolu ve arkasından onun inşaatını takip eden çevreyolları sayesinde büyüme gösterdi. Bu dönemden 2000’li yılların ortalarına kadar şehir eski şehrin yaklaşık 1,5 katı büyüdü. Wangfujing ve Xidan gözalıcı olarak gelişen ticaret bölgeleri olurken, Zhongguancun, Çin’in elektronik merkezi oldu.

Ancak bu gelişmenin faturası olarak Pekin, yoğun trafik, düşük hava kalitesi, tarihi semtlerin yok olması ve ülkenin daha az gelişmiş bölgelerinden gelen göç dalgasıyla karşı karşıya kaldı. Nisan-Haziran 1989’da, Tiananmen Meydanı’nda öğrencilerin, aydınların ve işçilerin önderliğinde gerçekleşen gösterilerin ve bu gösterilmesin bastırılması gibi yakın Çin tarihindeki olaylara da evsahipliği yapan Pekin, dünyanın en büyük spor organizasyonu olan 2008 Yaz Olimpiyatları’na da evsahipliği yaptı.

“Beijing”, birçok Uzak Asya ülkesindeki isimlendirme geleneğine benzer şekilde “kuzey başkenti” anlamına gelir. Buna benzer isme sahip diğer kentler arasında Çin’de “güney başkenti” anlamına gelen Nankin; “doğu başkenti” anlamına gelen Japonya’daki Tokyo, Vietnam’daki Hanoi’nin eski adı Đông Kinh; “başkent” anlamına gelen Japonya’daki Kyoto ve Güney Kore’deki Seul’un eski adı Gyeongseong yer alır.